Az Alapítvány önálló jogi személy, a kitűzött cél megvalósulásáról, az öt tagú kuratórium elvi irányításával egy menedzser, egy titkár és egy könyvelő gondoskodik.

 A Kuratórium általában nyilvános üléseit igény szerint tartja, döntéseit szavazattöbbséggel hozza. A kuratórium elnökét és tagjait a NOVOFER Zrt. vezérigazgatója bízza meg, 1998-tól kezdődően négy éves időtartamra.  Az első kuratórium a megalakulástól kezdődően, 1993 végéig irányította a munkát.

A 2006-ban kinevezett új kuratórium tagjai:

  Drozdy Győző dr., villamosmérnök, a Pannon GSM vezérigazgató-helyettese,

  Garay Tóth János, a Magyar Innovációs Szövetség kommunikációs igazgatója (elnök),

  Ginsztler János dr., a BME tanszékvezető egyetemi tanára, a Magyar Mérnökakadémia elnöke, az MTA levelező tagja,

  Inzelt Péter dr., kandidátus, az MTA SZTAKI igazgatója,

  Szabó Gábor dr., a Szegedi Tudományegyetem egyetemi tanára, a MISZ elnöke, az MTA levelező tagja.

A titkári teendőket Kosztolányi Tamás gépész és gazdasági mérnök, szabadalmi ügyvivő látja el.

Az Alapítvány gazdálkodását 3 tagú Felügyelő Bizottság ellenőrzi, melynek elnöke

  Lajtha György dr., villamosmérnök, címzetes egyetemi tanár, tudományos szaktanácsadó és tagjai

  Imre József dr., egyetemi magántanár, kandidátus, a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal főosztályvezetője,

  Mód Katalin, szervező vegyészmérnök, közgazdasági szakokleveles mérnök, mérlegképes könyvelő.

Az Alapítvány szervezetéhez tartozik a nemzetközi Gábor Dénes-díj odaítélésére javaslatot tevő díjbizottság. E nemzetközi testület három évenként egy magyar és egy külföldi, 35 év alatti fiatal tudóst tüntet ki nemzetközi Gábor Dénes-díjjal, a névadó munkássága szellemében inspirált területeken (alkalmazott fizika, műszaki alapkutatások, informatikát megalapozó eredmények), vagy az ott elért kutatási eredményeket hasznosító tudományos szakterületeken (pl. az orvostudomány területén) elért kimagasló eredményeikért.

Az újjászervezett nemzetközi díjbizottság tagjai:

  Kroó Norbert akadémikus, a Magyar Tudományos Akadémia alelnöke, a díjbizottság elnöke;

  Czitrovszky Aladár kutató, az MTA SzFKI dolgozója,

  Horváth Zalán akadémikus, az Eötvös Lóránd Tudományegyetem egyetemi tanára,

  Krausz Ferenc professzor, a Ludwig-Maximilians-Universitat Munich egyetemi tanára,

  Lippényi Tivadar, a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal elnökhelyettese,

  Richter Péter professzor, a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem tanszékvezető egyetemi tanára,

  Sánta Imre a Pécsi Tudományegyetem docense,  a DDKKK igazgatója,

  Szatmári Sándor professzor, a Szegedi Tudományegyetem tanszékvezető egyetemi tanára,  

  Martial Ducloy professzor, (Laboratoire de Physique des Lasers Institut Galilee, Univbersite Paris-Nord),

  Richard A. Syms professzor, (Imperial College London, Dept. of Electrical and Electronic Eng. UK)

  Boris I. Denker professzor, (Prokhorov General Physics Institute, Russia Academy of Sciences, Moscow),

  Yeung Yam professzor, (The Chinese University of Hong Kong),

  Hideki Hashimoto professzor, (University of Tokyo, Japán)

A díjbizottság titkári teendőit dr. Baranyi Péter, nemzetközi Gábor Dénes-díjas kutató látja el.